בדיקת ריצוף אקסום

בדיקת ריצוף אקסום בשיטת NGS

מהי בדיקת ריצוף אקסום

בדיקת ריצוף אקסום, היא אחת מהשיטות לאיתור שיבושים (מוטציות) במטען הגנטי, אשר עלולים להעיד על  סיכון למחלה גנטית (מחלה תורשתית). מדובר בבדיקה מעבדתית שנערכת בהליך המכונה next generation sequencing (NGS). כאשר מדובר בבדיקת המטען הגנטי של עובר, אזי החומר הגנטי לצורך הבדיקה יופק מתאי עובר שנמצאים במי השפיר.

כלומר, כאשר בשבוע 17-21 להריון, נערך לאם ההרה דיקור מי שפיר עבור ביצוע בדיקת צ’יפ גנטי במי שפיר, יש לבקש שמירת תאים לשם ביצוע ריצוף אקסום. שמירת התאים והפענוח המעבדתי של המטען הגנטי שלהם אשר מכונה בדיקת ריצוף אקסום, כרוכים בתשלום. בעיקרון, ניתן להחליט על ביצוע בדיקת ריצוף אקסום גם לאחר קבלת תוצאות בדיקת הצ’יפ הגנטי.

כשבדיקת ריצוף אקסום מתווספת לבדיקת צ’יפ גנטי, ניתן לזהות הרבה יותר פגמים במטען הגנטי של העובר, במידה שאלו קיימים.

החומר הגנטי שהופק במעבדת AMG מתאי העובר נשלח בליווי הנחיות מתאימות לפענוח במעבדת MYDNA ביוסטון, ארה”ב. מעבדת MYDNA היא אחת המעבדות המובילות בעולם בביצוע בדיקות ריצוף גנטי. התוצאות של בדיקת ריצוף אקסום מתקבלות תוך 4-6 שבועות.

כאשר מבצעים בדיקת אקסום לעובר, מומלץ לבדוק בו זמנית גם את שני ההורים, על מנת לבחון אם השיבושים שייצפו במטען הגנטי של העובר מקורם בתורשה מאחד ההורים או נוצרו באופן עצמוני (דה – נובו). למידע הזה יש חשיבות עבור הפיענוח הרפואי של הבדיקה. בדיקה זו מכונה בדיקת אקסום טריו.

לעיתים נדירות וכאשר בדיקת המטען הגנטי של העובר נעשית ללא התוויה רפואית והמלצה של יועץ גנטי, תסכים המעבדה לבצע בשלב ראשון את בדיקת האקסום רק עבור העובר. במקרה כזה, במידה שיתגלו תוצאות מחשידות בבדיקת ריצוף אקסום של העובר, יומלץ על המשך בירור גנטי על ידי ביצוע בדיקת ריצוף גנטי מסוימת למטען הגנטי של הורה אחד, או של שני ההורים.

ביצוע בדיקה שכזו אורך מספר שבועות. ניתן לייעל את ההליך כולו ולקצר את משך ההמתנה לתוצאות, אם יישלחו למעבדה בארה”ב באותו משלוח דגימות המטענים הגנטיים של העובר ושל הוריו, ואלו ייבדקו במעבדה בו זמנית.

לצורך ביצוע הבדיקה של המטען הגנטי של הורי העובר, נוטלים דגימת דם מהזרוע וממצים ממנה את החומר הגנטי המצוי בתאים. אם בוצע סקר גנטי מורחב במסגרת מעבדת AMG אין צורך בנטילת דגימת דם נוספת לשם ביצוע בדיקת הריצוף הגנטי.

מה ואיך בודקים בבדיקת ריצוף אקסום בשיטת NGS

החומר הגנטי שמצוי בתאי גופנו הוא ספריית תוכניות לייצור חלבונים האחראים לכול התכונות הגופניות שלנו. כול תוכנית כזו שבספרייה מכילה קוד לייצור חלבון מסוים. התוכנית מורכבת מחלק המכיל הוראות ייצור מפורשות אשר מכונה אקסום, ומחלקים שעוטפים אותה ושגם לתקינותם יש חשיבות רבה. מבחינה כמותית האקסום מהווה רק 1%-2% מכלל המטען הגנטי של האדם, אולם השיבושים הגנטיים שעלולים להתרחש בו אחראים לכ- 80% מהמחלות התורשתיות (מחלות גנטיות) הידועות כיום.

כלומר, ניתן לאבחן את רוב המחלות הגנטיות בעזרת סריקת האקסום, והליך מעבדתי זה מכונה ריצוף כלל אקסומי, או בדיקת ריצוף אקסום ( whole exome sequencing, WES). במקרים רבים שבהם מומלץ על ביצוע בדיקת ריצוף גנטי כדי לשלול חשד לשיבושים גנטיים אצל העובר, תבוצע בדיקת ריצוף כלל אקסומי.

בנוסף לבדיקת ריצוף כלל אקסומי, קיימים שני סוגים נוספים של בדיקות ריצוף הנערכות בשיטת NGS, אשר יומלצו כתלות במקרה:

  • בדיקת ריצוף כלל גנומי (whole genome sequencing, WGS), בה נבדקת תקינותו של כל החומר הגנטי של האדם, שכולל הן את הוראות הייצור המפורשות של כול החלבונים והן את החלקים שעוטפים אותן. מטבע הדברים מדובר בבדיקה מאד מקיפה.
  • בדיקות ריצוף של פאנלים רב גניים (multi-gene panels), בהן בודקים רק את תקינות הרצף הגנטי של עשרות (ולעיתים מאות) גנים הקשורים לקבוצה מוגדרת של מחלות.

במקרים בהם נערכת בדיקת אקסום לעובר ולהוריו, עקב רצון ההורים, ומבלי שעלה חשד לבעיה גנטית אצל העובר, יומלץ על ביצוע בדיקת ריצוף רק עבור פאנל מוגדר של גנים הידועים ככאלו שעלולים לגרום למחלות קשות המתבטאות כבר בילדות המוקדמת. רשימת הגנים הנבדקת תצורף לדוח התוצאות.

במרבית המקרים תהיה המלצה של רופא גנטיקאי לביצוע בדיקת ריצוף גנטי מסיבות רפואיות מוגדרות, וזו תקבע את היקף החומר הגנטי שייבדק, וכן אם תתבצע בדיקה רק של החומר הגנטי של העובר, או גם של אחד מההורים (בדיקת דואו) או גם של שני ההורים (בדיקת טריו).

כפי שהוסבר, כאשר בדיקת אקסום נערכת עקב רצון ההורים, ומבלי שעלה חשד לבעיה גנטית אצל העובר, יומלץ על ביצוע בדיקת ריצוף רק עבור פאנל מוגדר של גנים.

במהלך בדיקת ריצוף גנטי כלשהו בשיטת NGS מפענחים תחילה את הרצף הגנטי של החומר הגנטי שרוצים לבדוק. כלומר, בעזרת מכשור ממוחשב מתקדם מפענחים את הכתוב בתוכניות מוגדרות לייצור חלבונים, שקיימות במטען הגנטי של האדם הנבדק. לאחר מכן מתבצעת בדיקת תקינות של התוכניות הללו. בדיקת התקינות נערכת על ידי השוואה בין מה שנתקבל בפענוח לבין מה שמופיע כתקין בספרות הרפואית העדכנית.

תוצאות של בדיקת ריצוף אקסום בשיטת NGS

דוח תוצאות הבדיקה של ריצוף גנטי בשיטת NGS מתקבל במרבית המקרים תוך 4-6 שבועות ומועבר לגורם המפנה שהוא בדרך כלל רופא גנטיקאי. הלה יעביר את התוצאות להורה או להורים, בליווי הסבר וייעוץ גנטי מתאים. בנוסף, ההורה או ההורים יכולים לבקש לקבל את קובץ הנתונים הגולמי של הבדיקה, אשר מכיל  את הרצפים הגנטיים שנבדקו (קובץ FASTQ). העברה זו כרוכה בתשלום.

איזה מידע יכלול דוח התוצאות של בדיקת ריצוף גנטי

דוח התוצאות של בדיקת הריצוף הגנטי מפרט את השיבושים המשמעותיים שנמצאו בבדיקה של המטען הגנטי של הנבדק או הנבדקים (במקרה שגם דגימת החומר הגנטי של ההורים נבדקה בבדיקת ריצוף כלל אקסומי, או בבדיקת ריצוף גנטי אחרת). כמו כן הוא מפרט את המשמעות הרפואית של השיבושים הללו ולעיתים יכיל גם הסברים והמלצות להמשך בירור גנטי.

דוח התוצאות שמגיע לרופא הגנטיקאי המפנה, מורכב משלושה סוגי דיווחים אודות שיבושים גנטיים, במידה שאלו נתגלו:

  • שיבושים גנטיים שסווגו כבעלי משמעות למחלות גנטיות שהחשש מקיומן עמד בבסיס ביצוע הבדיקה. אלו ידווחו ויוסברו במלואם להורה או להורים.
  • שיבושים גנטיים שניוניים (secondary findings) כפי שהוגדרו על ידי האיגוד האמריקאי לגנטיקה. נכון לעתה מדובר ברשימה של 59 גנים ששיבוש בהם נמצא קשור לסיכון גבוה לתחלואה, ושאיתור מוקדם של השיבוש עשוי לאפשר להפחית את התחלואה הנדונה. שיבושים גנטיים אלו ידווחו להורה או להורים בליווי הסבר מתאים, אלא אם כן הם ביקשו במפורש, טרם ביצוע הבדיקה, שלא לקבל דיווח על שיבושים שניוניים.
  • שיבושים גנטיים מקריים (incidental findings). מדובר בשיבושים גנטיים בעלי משמעות רפואית לעובר או להוריו, שאינם קשורים לסיבה העיקרית שבגינה נערכה בדיקת הריצוף הגנטי, ואשר נתגלו לגמרי במקרה במהלך בדיקת הריצוף הגנטי. שיבושים אלו כוללים נטייה למחלות של הגיל המבוגר, סוגי סרטן או מחלות תורשתיות אחרות. שיבושים אלו ידווחו להורה או להורים בליווי הסבר מתאים, על פי שיקול דעתו המקצועי של הרופא הגנטיקאי המפנה, אלא אם כן הם ביקשו במפורש, טרם ביצוע הבדיקה, שלא לקבל דיווח על שיבושים אלו.

קבצי הנתונים של בדיקת הריצוף הגנטי של העובר או של הוריו יישמרו באופן אנונימי בבסיס הנתונים של המכון הגנטי שמבצע את הבדיקה, ובבסיס נתונים ייחודי של משרד הבריאות.

המגבלות של בדיקת ריצוף אקסום בשיטת NGS

אף כי בדיקת ריצוף אקסום בשיטת NGS נחשבת למדויקת ואמינה, יש להיות ערים למגבלותיה. הפענוח והמשמעות של הנתונים הגנטיים שנבדקו בבדיקת הריצוף הגנטי יכולים להשתנות  מעת לעת, בעקבות התעדכנות הידע המדעי רפואי. יש אפשרות לבקש פיענוח חוזר של המידע הגולמי שמצוי בקבצי FASTQ, ובקשה כזו כרוכה תשלום.

בנוסף, בדיקת ריצוף כלל אקסומי בשיטת NGS מכסה רק כ-90% מהאזורים אשר מכילים תוכניות לייצור חלבונים במטען הגנטי, וכן מכסה מעט מהאזורים הסמוכים להם. שיבושים מסוימים הגורמים למחלות ונמצאים באזורים שלא כוסו על ידי הבדיקה, לא יתגלו. לעיתים תמליץ המעבדה המבצעת את הבדיקה להבהיר מצב ספציפי מעורפל על ידי ביצוע של בדיקת ריצוף גנטי ממוקד בשיטת סנגר שהיא מדויקת יותר משיטת NGS.

קיימים גם שיבושים גנטיים מבניים ששיטת NGS לא מאפשרת את גילויים. להשלמת התמונה בנושא בדיקת ריצוף אקסום אנו ממליצים לעיין בנייר העמדה של איגוד הגנטיקאים הרפואיים בישראל, שנושאו “השימוש בשיטות ריצוף מתקדמות באבחון טרום לידתי”.

בדיקת ריצוף אקסום של המטען הגנטי של הורי העובר

ההמלצה של רוב הגנטיקאים בישראל ובעולם היא לבצע בדיקת אקסום הן לעובר והן לשני הוריו בו זמנית (בדיקת אקסום טריו). לעיתים, לאחר אישור המעבדה והרופא הגנטיקאי שלה, ניתן לבצע בדיקת ריצוף אקסומי רק לדגימת המטען הגנטי של העובר. במקרה כזה, במידה שמתגלים במטען הגנטי של העובר שיבושים, יש לבדוק בהקדם גם את המטען הגנטי של ההורים כדי להבהיר את מקורם ואת משמעותם הרפואית.

לצורך ביצוע הבדיקה של המטען הגנטי של הורי העובר, נוטלים דגימת דם מהזרוע וממצים ממנה את החומר הגנטי המצוי בתאים. אם בוצע סקר גנטי מורחב במסגרת מעבדת AMG אין צורך בנטילת דגימת דם נוספת לשם ביצוע בדיקת הריצוף הגנטי.

כיוון שלעיתים יש חשיבות לגורם הזמן בכול הנוגע לקבלת תוצאות של הבדיקות הגנטיות, ובפרט תוצאות של בדיקת ריצוף אקסום, ניתן לקצר את משך זמן ההמתנה לתוצאות הסופיות על ידי ביצוע בדיקה מקבילה של המטען הגנטי של העובר ושל הוריו. במקרה זה יישלחו מלכתחילה למעבדה בארה”ב באותו משלוח, דגימות מהמטענים הגנטיים הן של העובר והן של הוריו, ואלו ייבדקו במעבדה בו זמנית.

בקשה למידע או לזימון
תור לבדיקת סקר גנטי מורחב



    כן, שלחו לי למייל קישורית לסרטון הסבר אישי על בדיקת הסקר

    הגנטי המורחב ועל נושאים גנטיים שכדאי לדעת, פרי פיתוח חברת igentify.

    ניתן לפנות אלינו גם בטלפון:

    09-8787261
    מענה בימים:
    • א-ה' 8:00-18:00
    09-8787261

    ©2021 AMGLAB